يثير تصنيف الولايات المتحدة الأميركية تنظيم الإخوان في السودان جماعة إرهابية، تساؤلات حول التأثيرات والتداعيات المحتملة خصوصا في ظل التغلغل الواسع لعناصر التنظيم في الجيش والأجهزة الأمنية ومؤسسات الخدمة المدنية.